Muzeum patří mezi nejvýznamnější kulturní instituce na jihu Čech. V současné době je muzeum krajským regionálním muzeem s orientací na přírodní a společenské vědy. Kromě stálých expozic přírody, pravěku a středověku se zde konají krátkodobé tematické výstavy, přednášky a další kulturně vzdělávací programy.
