Papilonia je expozice živých tropických motýlů, kde návštěvníci prochází přímo v prostoru mezi poletujícími motýly. Motýlí dům je pod umělým osvětlením a panuje zde stejné klima jako v tropické džungli, tedy v oblasti přirozeného výskytu přítomných motýlů. Prostory v Papilonii Lipno jsou ztvárněny do prostředí fantasy světa. Motýli jsou původem z tropických oblastí jihovýchodní Asie, Jižní Afriky, Střední a Jižní Ameriky. Mezi nejzajímavější druhy patří například Morpho peleides, který zaujme nejen svou velikostí křídel (mohou dosáhnout až 20 cm), ale zejména svou modrou barvou, jenž je v přírodě velmi vzácná. Velmi zajímavé je také pozorování maskování motýlů, kterým se chrání před predátory. Například druh Kallima vypadá jako uschlý list. Naopak Caligo má dokonalé ztvárnění oka sovy, kterým zastrašuje své nepřátele. Součástí expozice je i líheň, kde mohou návštěvníci sledovat zrození nových motýlů.
